C’est en 1745 que l’on construit une chapelle à La Minerie pour la commodité des habitants de la partie nord de la commune de Thimister. En 1838, cette chapelle est érigée en église paroissiale. Dès 1843, devenue trop exigüe, elle est remplacée par une nouvelle église placée sous la protection de saint Pierre et, secondairement, de sainte Apolline, invoquée contre les maux de dents et de tête. Saint Léonard, patron des mineurs, y occupe également une place de choix.
L’édifice, qui se compose de trois nefs s’étendant sur cinq travées séparées par des colonnes à chapiteaux toscans, procure au visiteur une agréable impression de clarté et de fraîcheur.
En mai 1940, le bâtiment a subi de graves dommages à la suite d’un bombardement provenant du fort de Battice (les soldats belges croyaient que l’église servait d’observatoire aux Allemands). La restauration a été terminée en octobre 1942, sauf en ce qui concerne les orgues, pour lesquels, à la suite de très nombreuses péripéties, un dossier de remplacement dépendant des "dommages de guerre" a fini par obtenir l'autorisation de l'Etat en 2007. Le nouvel instrument, conçu par l'auteur de projet Patrick Wilwerth et construit par la manufacture Schumacher d'Eupen, a été inauguré le 4 décembre 2011.